ちょっとわかりにくいですが、httpでの接続時に
yamitzky.com
├── index.html
├── sub_repo1のpublicディレクトリ
│ ├── images
│ └── index.html
└── sub_repo2のpublicディレクトリ
├── images
├── index.html
└── stylesheets
└── site.cssみたいな感じになっていて、yamitzky.comもひとつのリポジトリなんだけど、sub_repoもひとつの立派なリポジトリというか、みたいな状態。
もうちょっと複雑に、sub_repo内のpublicディレクトリのみを、閲覧可能にしたい状態(.gitが見られても何か嫌ですもんねー)。
つまり実質的にフォルダは
parent_directory
├── yamitzky.com
├── sub_repo1
│ └public
└── sub_repo2
└publicみたいな感じで、並列になってるんですねー。
こういうときは、ローカル側も、サーバー側も馬鹿正直に、↑みたいにファイルを置いてあげて下さい。
その上で、シンボリックリンクを使ってあげましょう。
メインになってるリポジトリにまず移動し
cd yamitzky.com
lnコマンドでシンボリックリンクを張ります。
ln -s ../../sub_repo1/public sub_repo1
と、やってあげると良いです