僕はzshを使っていますが、どのシェルでも共通な、ブックマークシステムを紹介します。
といっても、ディレクトリとシンボリックリンクを使うだけです。
まず、ブックマークを突っ込むためのディレクトリを作ります。
mkdir ~/b
そして、~/bのディレクトリには、ブックマークのシンボリックリンクを突っ込みます。
ln -s /path/to/target/directory/to/bookmark ~/b/hoge
/path/to/target/directory/to/bookmarkというディレクトリへは、
cd ~/b/hoge
で移動完了。zshなんかだと
~/b/hoge
で移動できます。チルダの入力がちょっと面倒かな。